Обстановка во Франции изменилась. Католическая лига, опираясь на поддержку Филиппа II Испанского и папского престола, овладела многими важными районами страны, усилила свои позиции при дворе Генрих III все свое время теперь посвящал постам, паломничествам и душеспасительным беседам.
Эдикт о веротерпимости был отменен. Мишель де Кастельно впал в немилость. О чтении лекций в университете не могло быть и речи. Бруно жил впроголодь, по дороге в Париж его и де Кастельно ограбили разбойники. В Париже Бруно издал курс лекций по «Физике» Аристотеля, а весной 1586 года готовился к новому публичному выступлению против аристотелизма. Несмотря на опасения богословов, ему удалось добиться от ректора университета разрешения выступить с защитой 120 тезисов, направленных против основных положений «Физики» и трактата «О небе и мире». Это было самое значительное выступление Бруно против Аристотелевой философии, против схоластического учения о природе, о материи, о вселенной.
Диспут состоялся 28 мая 1586 года в коллеже Камбре. От имени Бруно, как полагалось по обычаю, выступил его ученик Жан Эннекен. На следующий день, когда Бруно должен был отвечать на возражения, он не явился. Вступив в конфликт с влиятельными политическими силами, без работы, без денег, без покровителей он не мог более оставаться в Париже, где ему грозила расправа. В июне 1586 года Бруно отправился в Германию. Но дурная слава опережала его. В Майнце и Висбадене попытки найти работу были безуспешными. В Марбурге, уже после того как Бруно был занесен в список профессоров университета, ректор неожиданно вызвал его и заявил, что с согласия философского факультета и по весьма важным причинам» ему запрещено публичное преподавание философии. Бруно «до того вспылил, — записал ректор Петр Нигидий, — что грубо оскорбил меня в моем собственном доме, словно я в этом деле поступил вопреки международному праву и обычаям всех немецких университетов, и не пожелал более числиться членом университета».
