Основываясь на содержании одной из прочитанных рукописей, он вступил с монахами Сен-Дени в спор по поводу того, кого именно надо считать основателем их монастыря и, вызвав своими предположениями сильнейшее негодование с их стороны, был вынужден бежать из Сен-Дени и отдаться под покровительство графа Шампани. Начались длительные переговоры между Абеляром и аббатом монастыря Сен-Дени, в результате которых Абеляр, прибегнувший к поддержке видных членов королевского совета, получил, наконец, разрешение жить вне стен этого аббатства с условием — не подчиняться никакому другому аббатству, кроме монастыря Сен-Дени. Абеляр поселился в пустынном местечке, недалеко от Труа, на подаренном ему (каким-то оставшимся нам не известным владельцем) участке земли и с помощью одного из своих учеников выстроил небольшую молельню.
Однако уединенная жизнь Абеляра длилась недолго. Как только ученики узнали, где находится знаменитый учитель, они тотчас же двинулись вслед за ним, и вскоре в долине реки Ардюссона, близ воздвигнутой Абеляром молельни, выросла шумная и многолюдная колония, созданная явившимися туда школярами.
Выстроив себе хижины, они занялись обработкой полей и, снабжая своего учителя всем необходимым, усердно слушали его лекции. В занятиях и трудах прошли два мирных года (1122–1123).
Но это спокойствие кончилось, лишь только вести о новой школе распространились по Франции. Большое стечение школяров, готовых мириться со всевозможными неудобствами ради лекций учителя, который был только что осужден на церковном соборе, не могло не встревожить церковь, тем более что ардюссонская школа существовала вне всякого контроля с ее стороны. На борьбу с Абеляром на этот раз выступили два наиболее видных представителя «теократической партии» — Бернар Клервоский и Норбер, из которых первый превосходно знал обо всем, что происходило в ардюссонской колонии, ибо монастырь Клерво, основанный Бернаром в 1115 году в долине реки Об, находился недалеко от местопребывания Абеляра.
В состоянии паники и растерянности стал ожидать Абеляр нового удара, как только до него дошли слухи о том, что Бернар и Норбер замышляют против него нападение. Когда Абеляр, впав в отчаяние, уже начал обдумывать план бегства из «христианского мира» к мусульманам в Испанию, он получил неожиданное известие из Бретани о том, что братия находившегося там монастыря Св. Гильдазия, по-видимому, прельщенная славой своего земляка, избрала его аббатом. Стремясь укрыться от нависшей над ним угрозы, Абеляр не раздумывая покинул свою ардюссонскую школу и переехал в Бретань (1126).
