Однажды на лестнице храма Св. Петра четверо неизвестных в масках напали на Бишельи. Ему было нанесено пять ножевых ран: он упал, и убийцы, уверенные в успехе дела, скрылись. Но герцог очнулся и сумел добраться до внутренних покоев. Целый месяц он был между жизнью и смертью. Лукреция и Санчия не оставляли Альфонсо ни днем, ни ночью. Они сами готовили для него еду и перевязывали раны, не позволяя никому приближаться к Альфонсо. Наконец, дело начало двигаться вроде бы к выздоровлению. Чезаре, недовольный подобным оборотом дела, произнес зловеще: «Что не сделано за обедом, совершится за ужином», – и через несколько дней муж Лукреции был задушен. Это произошло так. В комнату к Альфонсо прибыл отряд охраны Ватикана с приказом от имени папы арестовать Альфонсо, обвиненного в измене. Сам папа находился в соседней комнате, и когда женщины пришли к нему за объяснением, охранники воспользовались моментом и покончили с мужем Лукреции.
Если Лукреция могла как-то оправдать родных за убийство Педро Кальдеса, то убийство законного мужа оправданию не подлежало. Она удалилась вместе с сыном в замок Непи под предлогом боязни за жизнь ребенка, не желая иметь никаких отношений ни с отцом, ни с братом. Лукреция положенные полгода носила траур по мужу – одевалась в черное и белое, не принимала гостей, ела только на простой посуде. Александр VI и Чезаре решили ждать, когда она одумается и сама вернется в Рим. И ждали бы они долго, если бы не случай с Гоффредо. Развлечением последнего было похищение понравившихся ему женщин. Но однажды, когда он ворвался в дом, где жила его «очередная жертва», ему было оказано такое сопротивление со стороны мужчин, что он оказался прикован к постели и жить ему оставалось недолго. Его жена Санчия увезла Гоффредо в Неаполь и ухаживала за ним до конца. Для клана Борджиа Гоффредо был потерян. Потерять еще и Лукрецию Борджиа не могли.
