Он публикует «Воспитание христианского государя», посвящая его королю Карлу Испанскому в благодарность за должность (вернее, синекуру) королевского советника, которую он получил в 1515 году. А в декабре 1516 года его трудами и заботами появляется книжица под заглавием «О наилучшем устройстве государства и о неведомом острове Утопия» — сочинение Томаса Мора.
В1517–1521 годах Эразм жил преимущественно в Лувене. Первые два из них можно считать апогеем Эразмовой славы. Он — самая яркая звезда и светской науки, и богословия. Ему нет покоя от посетителей. Он завален письмами и подношениями. Он и досадует на эту чрезмерную популярность, и видит в ней знамение грядущего золотого века — века мира, справедливости и великого расцвета наук и искусств.
Эразм Роттердамский поставил гуманизм на службу реформе, но не порывал с католической церковью. Однако единство церкви и христианства усилиями Мартина Лютера было безвозвратно утрачено. 31 октября 1517 года Лютер выступил со своими 95-ю тезисами против индульгенций.
Началась Реформация. Консервативные богословы мигом ощутили внутреннюю связь между «новым богословием» Эразма и «Лютеровой ересью». В поправках к тексту и традиционному толкованию священных книг, в стремлении вернуться вспять, к источникам христианства, к идеям и правилам древней церкви, они увидели посягательства на католическую веру в целом — и были, по-своему правы. Среди новоявленных оппонентов были и добрые знакомцы Эразма, люди, которых он уважал и ценил. Он отбивался изо всех сил, писал одну «апологию» за другой, взывал к защите папы и императора. К богословам присоединились нищенствующие монахи-проповедники (доминиканцы и кармелиты) Эразма публично поносили в церквах.
Теперь была одна цель травли — заставить князя ученых и богословов выступить против Лютера и, тем самым, раздавить Лютера весом Эразмова авторитета. Но на это Эразм не согласен. Он предпочитает бегство, и в конце 1521 года переселяется в Базель. В Базеле ему жилось привольно и, пожалуй, даже счастливо, несмотря на все бури, бушевавшие вокруг. Реформацию, неуклонно подвигавшуюся вперед, Великую крестьянскую войну в Германии, войну в Италии. Здесь, укрытый от истошной брани врагов, он хладнокровно и трезво определил свою позицию в борьбе, которой положило начало выступление Лютера.
На первых порах он сочувствовал Лютеру всецело и, хотя от публичной поддержки уклонялся, считая, что это лишь обострит раздор, частным образом всячески его оправдывал. Потом, еще в Лувене, он пытался примирить враждующих, призывал обе стороны ко взаимной сдержанности, одновременно убеждаясь все яснее, что путь Лютера — не его путь, что если они и были союзниками, то лишь временными. И уже в Базеле, не под чужим давлением, а по собственному почину, по внутренней потребности, он отмежевался от Лютера до конца («О свободе воли», 1524).