Оставаться после этого в Йене Фихте не захотел и летом 1799 года переехал в Берлин. Здесь он завязывает дружеские отношения с романтиками Ф. Шлегелем, Л. Тиком, Ф. Шлейермахером. Дружба скрашивает его жизнь в разлуке с семьей, которая еще некоторое время остается в Йене. По-прежнему Фихте продолжает много писать. Он завершает уже ранее начатое сочинение «Назначение человека» (1800), в котором намечается новый этап его развития — не без влияния Якоби, чья доброжелательная и глубокая критика наукоучения дала толчок к новым поискам разрешения трудностей, обнаружившихся в «Основе общего наукоучения». В том же году выходит в свет работа «Замкнутое торговое государство», которую Фихте считал лучшим своим произведением, а в 1801 году — трактат «Ясное, как солнце, сообщение широкой публике об истинной сущности новейшей философии».
Начало нового столетия было омрачено для Фихте разрывом с его молодым другом Ф. Шеллингом, прежде считавшим себя последователем наукоучения. Полемика с Шеллингом побудила Фихте вновь обратиться к обоснованию и прояснению принципов наукоучения, к чему, впрочем, он пришел уже ранее под влиянием Якоби, и не случайно именно 1800-й год стал рубежом в творчестве философа: он во многом уточняет как трактовку свободы, так и исходный пункт своего учения — понятие «Я».
Берлинская молодежь неоднократно просила Фихте провести частный курс лекций, и с осени 1800 года, в течение нескольких лет, он читает лекции, на которые, как и в Йене, стекается много публики: в числе его слушателей не только студенты, но и вполне зрелые люди: среди них — министр фон Альтенштейн, придворный советник фон Бейме и даже австрийский посол при Берлинском дворе князь Меттерних. Зимой 1804–1805 года философом был прочитан курс лекций на тему: «Основные черты современной эпохи», где была разработана концепция философии истории, а в 1806 году — лекции по философии религии, опубликованные под названием «Наставления к блаженной жизни, или Учение о религии».
