Переехав в 1742 году в Париж, провинциальный врач Ламетри сразу получил почетную и высокооплачиваемую должность полкового врача королевской гвардии. Он принимал участие в сражении при Деттингене (1743), в осаде Фрейбурга (1744) и в битве при Фонтенуа (1745). Теперь у него имелись все основания быть довольным высоким положением, какого ему удалось достичь. Однако Ламетри пишет целую серию памфлетов, бичующих рутину, невежество и шарлатанство в среде его коллег. Эти остроумные, талантливо написанные произведения, которые философ создавал и издавал одно за другим в течение десяти лет, пользовались большим успехом.
Самая крупная из этих сатир — «Работы Пенелопы». Важнейшим событием описываемого периода в жизни философа является создание и выход в свет в 1745 году его первого философского труда — «Естественной истории души», книги, явно провозглашающей материализм. Ламетри издает ее в качестве перевода на французский язык сочинения, написанного вымышленным лицом — англичанином Д. Черпом. Но эта предосторожность не помогла, имя автора становится известно. На заседании парижского парламента обвинитель Жильбер де Вуазен заявил, что в книге содержится умысел внушить читателям еретические представления о душе, «сводя природу и свойства духа человеческого к материи и подрывая основы всякой религии и всякой добродетели», и требует публичного сожжения богопротивного произведения рукой палача.
9 июля 1746 года парламент вынес приговор, который был приведен в исполнение 13 июля на Гревской площади Ламетри изгнали из гвардии. Более того, Ламетри вынужден был покинуть пост инспектора военных лазаретов в Лилле, Брюсселе, Антверпене и Вормсе, ему грозила тюрьма, и он бежал сначала в Гент, затем в Лейден. Тем временем весь тираж опальной книги вскоре был распродан, и потребовалось новое издание. Но в печати одно за другим стали публиковаться выступления против книги и ее автора. После того как палач публично предал огню книгу, ее автор с прежней энергией продолжал обличать врачей-дельцов.