Пирс умер от рака 19 апреля 1914 года в возрасте семидесяти пяти лет. «Он умер… сокрушенный, одинокий человек, все еще работающий над своей логикой, не имея издателя, почти без учеников, не известный широкой публике».
Вскоре после его смерти Гарвардский университет приобрел у вдовы Пирса за пятьсот долларов все его рукописи. Часть обширной библиотеки, собранной Пирсом главным образом в первые два десятилетия его научной работы, еще сам Пирс продал университету Джона Хопкинса еще в начале 1880-х годов, когда он подумывал было полностью оставить занятия логикой и философией и посвятить себя целиком естественным наукам. Когда же в 1934 году умерла вдова Пирса, то новые владельцы дома, не найдя покупателей на сохранившуюся часть библиотеки, не придумали ничего лучшего, как сжечь книги во дворе.
Литературное наследие мыслителя насчитывает до пяти тысяч страниц. Значительную часть в нем составляют статьи и отрывки, которые не были напечатаны при его жизни. Пирс несколько раз приступал к работе над книгами по логике и философии, в которых пытался свести воедино свои взгляды, но кроме отдельных статей и рецензий ему ничего напечатать не удалось. Даже когда он закончил одну книгу («Большая логика», 1893), то не смог найти для нее издателя.
В 1923 году, то есть через девять лет после смерти философа, был издан под редакцией и со вступительной статьей М. Коэна первый небольшой, но весьма удачно составленный сборник статей Пирса с несколько странным, хотя и не случайным названием «Случай, любовь и логика».
