Последний повел на Ближнем Востоке совсем иную политику он препятствовал смешению пришлого, греческого, и местного населения. Кроме того, он вообразил себя восточным деспотом-полубогом и требовал от своих друзей и соратников соответствующих почестей.
Племянник Аристотеля Каллисфен, бывший историографом Александра, отказался признать превращение македонского монарха в фараона и был казнен, что привело к охлаждению отношений между бывшим воспитанником и бывшим воспитателем. Неожиданная смерть тридцатитрехлетнего Александра в Вавилоне (который он предполагал сделать столицей своей державы) 13 июня 323 года до н. э. вызвала в Афинах антимакедонское восстание, в ходе которого представители промакедонской партии были подвергнуты репрессиям.
Хотя Аристотель держался в стороне и вел себя как истинный мудрец, положение его с каждым днем становилось опасным. Не имея веских причин для его изгнания, афиняне обвинили его в неуважении к богам. Верховный жрец Элевсинских таинств предъявил ему стереотипное обвинение в кощунстве. Поводом для этого послужило стихотворение Аристотеля на смерть Гермия. Оно квалифицировалось как пеан — гимн в честь бога, что не подобало смертному, а потому считалось кощунством. Не дожидаясь суда, Аристотель передал управление Ликеем Теофрасту и покинул город, чтобы афиняне вторично не совершили бы преступления против философии, он имел в виду смерть Сократа.
Возможно, мыслитель поспешил с бегством его друг Антипатр вскоре подавил восстание в Афинах и власть промакедонской партии была восстановлена. Из Афин Аристотель уехал в Халкиду, где через два месяца и умер в 322 году до н. э. от болезни желудка, он страдал ею всю жизнь, она в его семье была наследственной болезнью.
Клевета преследовала Аристотеля всю жизнь, хотя он умер естественной смертью, распространился слух, что Аристотель убил себя, не желая предстать на суд перед Ареопагом. Но Аристотель был всегда против самоубийства. Поступки же его никогда не шли вразрез с убеждениями. Некоторые отцы церкви впоследствии утверждали, что Аристотель утонул, бросившись в пролив, отделяющий остров Эвбею от Греции. Это объясняли отчаянием философа из-за невозможности постигнуть в то время явление прилива и отлива. Такой вымысел заслуживает, однако, внимания потому, что свидетельствует о страстной любознательности Аристотеля. Упомянутый же пролив представляет действительно одно из немногих мест Средиземного моря, в которых явление прилива и отлива особенно заметно.
