Впоследствии, когда дела отвлекли дона Хуана в Северную Италию, вице-короли Неаполя и Сицилии по приказу из Мадрида сдали туркам не только Тунис, но даже Гелетту, находившуюся в испанских владениях еще со времени походов Карла V.
По окончании войны Филипп II сделал брата генерал-губернатором Милана, а с 1576 года – королевским наместником в Нидерландах. Однако дон Хуан считал эти посты слишком мелкими для себя и мечтал о собственном государстве. Отношения его с Филиппом II резко ухудшились. В нем стало заметно проявление мелкого тщеславия, напоминая всем, что он сын императора. Ранее романтически настроенный, дон Хуан стал теперь бессердечно относиться к своим возлюбленным и к своему многочисленному потомству. Вместе с тем он продолжал лелеять романтические планы освободить находящуюся в заключении в Англии Марию Стюарт и жениться на ней. План этот поддерживал папа, и теперь дон Хуан рассчитывал на его помощь.
Эти мечты рассеялись, когда брат назначил его правителем Нидерландов. Вначале дон Хуан сумел завоевать расположение голландцев, помнивших его отца, к которому они всегда относились с большой симпатией, но затем ситуация осложнилась.
Незадолго до прибытия Хуана в Нидерланды в Генте 8 ноября 1576 года было заключено соглашение между католическими и двумя кальвинистскими провинциями (Голландией и Зеландией) о борьбе за изгнание испанских войск и уничтожение порядков, заведенных здесь герцогом Альбой и его преемниками. От дона Хуана требовалось одобрение этого соглашения и удаление из Нидерландов испанских войск. Лишь после этого он мог быть признан королевским наместником Нидерландов. Вильгельм Оранский вначале советовал арестовать дона Хуана, а затем оставил это намерение и теперь лишь вредил его авторитету.
В январе 1577 года дон Хуан заключил с Генеральными штатами так называемую Брюссельскую унию, преобразованную в феврале в «постоянный эдикт», по которому подтверждалось Гентское соглашение, восстанавливались права и вольности 17 провинций, утверждались права принца Оранского в качестве штатгальтера Голландии и Зеландии. Дон Хуан лишь требовал взамен господствующего положения для католической религии.
В мае 1577 года дон Хуан торжественно въехал в Брюссель, восторженно встреченный голландским населением. Однако скоро он стал тяготиться своим положением и мечтал поскорее уехать из Нидерландов «от этих величайших негодяев, которые скорее им управляют, чем он ими», как он писал в одном письме. Дон Хуан просил Филиппа II прислать ему замену, а Генеральным штатам объявил, что нужно подождать с отъездом испанских солдат. Эти солдаты были нужны ему для воплощения в жизнь его планов освобождения Марии Стюарт.