По возвращении Черчиллю было поручено усмирение восстания герцога Монмауса. Это поручение было исполнено с блестящим успехом и увенчано разгромом мятежников при Седисмуре. Сам Джон Черчилль был произведен в генерал-майоры.
Вскоре карьера Джона Черчилля резко оборвалась. Причиной этого стала его привязанность к протестантству, что навлекло на него немилость короля, покровительствовавшего католикам. Вскоре Черчилль перешел на сторону принца Вильгельма Оранского, занявшего британский престол под именем Вильгельма III. Новый король сделал Джона Черчилля графом Мальборо и произвел в генерал-лейтенанты, назначив командиром войска во Фландрии.
Выиграв главное сражение кампании при Волькуре, Мальборо приобрел европейскую известность.
Следующим назначением Мальборо стала Ирландия, где королевские войска сражались с якобитами. Здесь Мальборо принудил к сдаче гарнизон Корка и Кинселя и оттеснил якобитов в провинцию Ольстер. После своего возвращения в Лондон Мальборо вместе с лордом Годольфином вошел в сношения с Яковом II с целью его возвращения на престол. Это стало известно Вильгельму III, и 5 мая 1692 года по обвинению в государственной измене Мальборо был арестован и заточен в Тауэр. Но суд, составленный из членов палаты лордов, не нашел достаточных оснований для обвинения в государственной измене, и Мальборо был освобожден, а два года спустя произведен в полные генералы.
Незадолго до начала войны за испанское наследство Мальборо был назначен главнокомандующим английскими войсками в Голландии. Одновременно на него было возложено ведение переговоров по созданию коалиции против Людовика XIV, самостоятельно распорядившегося вакантным троном Испании. Это поручение Мальборо выполнил с необычайным дипломатическим искусством. Вильгельм III, окончательно примирившийся с Мальборо, завещал своей наследнице принцессе Анне во всем следовать советам графа Мальборо.
