Под Казанью Курбский вместе с Щенятевым возглавили полк Правой руки, который расположен был на лугу за рекой Казанкой. Находясь на открытом месте, полк сильно пострадал от стрельбы из осажденного города, да еще ему приходилось отражать нападения черемис с тыла. Во время штурма Казани 2 сентября 1552 года Курбскому было поручено «охранять» Елбугины ворота, чтобы не дать возможность осажденным уйти из города, куда уже ворвались ратники Большого полка. Все попытки казанцев пробиться через ворота были Курбским отражены, лишь 5 тысяч смогли выйти из крепости и стали переправляться через реку. Андрей Михайлович с частью своих воинов бросился за ними и несколько раз отважно врубался в ряды неприятеля, пока тяжелое ранение не заставило его покинуть поле боя.
Через два года он снова был в казанской земле, посланный туда для усмирения мятежа. Поход этот был очень трудным, приходилось вести войска без дорог и воевать в лесах, но с задачей Курбский справился, вернувшись в Москву победителем татар и черемис. За сей ратный подвиг Иван IV пожаловал его чином боярина. С того времени Андрей Михайлович становится одним из ближайших к царю людей. Он сблизился с партией реформаторов – Сильвестра и Адашева, и вошел в Избранную раду – правительство царских «советников, мужей разумных и совершенных».
В 1556 году Курбским была одержана новая победа в походе против черемис. По возвращении он назначается воеводою полка Левой руки, стоящего в Калуге для охраны южных рубежей от крымских татар. Затем вместе с Щенятевым Курбский был направлен в Каширу, где принял под командование полк Правой руки.
Начавшаяся война с Ливонией вновь привела Курбского на поля сражений. В начале войны он возглавил Сторожевой полк, а затем, командуя Передовым полком, он участвовал во взятии Нейгауза и Юрьева (Дерпта). Вернувшись в Москву в марте 1559 года, Курбский был направлен на защиту южных границ от крымских татар. Но вскоре начались неудачи в Ливонии, и царь снова вызывает Курбского и назначает его начальствовать над всеми войсками, сражающимися в Ливонии. Новый командующий действовал энергично. Он не стал дожидаться подхода всех русских дружин и первым напал на ливонский отряд под Вейсенштейном (Пайде), одержав победу. Затем он принимает решение дать бой главным силам противника, которые возглавил сам магистр Ливонского ордена. Обойдя основные силы ливонцев по болотам, Курбский не стал ждать. И как писал сам Курбский, ливонцы «яко гордые стояли на широком поле от тех блат (болот), ждущие нас к сражению». И хотя время было ночное, русские войска завязали перестрелку с противником, которая переросла вскоре в рукопашную схватку. Победа снова была на стороне русского оружия.
