После Фридриха II трон унаследовал его племянник Фридрих-Вильгельм II. В отличие от своего дяди, деспота-вольнодумца, решительного администратора, полководца и покровителя наук, нынешний король был человеком безвольным, недалеким, склонным к мистике. Первоначально отношения Канта с новым королем складывались благоприятно для философа. Это было время его первого ректорства, когда Фридрих-Вильгельм II прибыл в Кенигсберг для принятия присяги. Главу университета пригласили в королевский замок, от имени профессоров и студентов Кант приветствовал монарха и был им обласкан. (От участия в торжественном богослужении философ отказался, сославшись на болезнь).
В год своего второго ректорства (1788) Кант открывал праздничное заседание по поводу королевского юбилея. Король санкционировал принятие Канта в Академию наук без какого-либо представления из Кенигсберга. Берлин значительно повысил его оклад, составлявший теперь 720 талеров.
В июле 1794 года Кант был избран в Петербургскую академию наук, а уже в октябре получил выговор от короля, но никто (кроме самого философа) об этом не узнал. Королевский указ не был обнародован, он пришел как частное письмо. Фридрих-Вильгельм писал Канту, что тот злоупотребляет своей философией для искажения и унижения некоторых главных и основных положений Священного писания и христианской веры.
От Канта требовали немедленного ответа, и он ответил, соблюдая все необходимо смиренные формулы обращения верноподданного к своему монарху, — не каялся, а, наоборот, решительно отводил по всем пунктам предъявленные ему обвинения. Отказываться от своих взглядов было не в правилах Канта, оказывать сопротивление ему не по силам. На случайно подвернувшемся клочке бумаги он сформулировал единственно возможную тактику. «Отречение от внутреннего убеждения низко, но молчание в случае, подобном настоящему, является долгом подданного, если все, что говоришь, должно быть истинным, то не обязательно гласно высказывать всю истину».
Кант продолжал разрабатывать этические проблемы. Им посвящено несколько работ «Основы метафизики нравственности» (1785), «Критика практического разума» (1788), «Метафизика нравов» (1797), «Об изначально злом в человеческой природе» (1792), «О поговорке «может быть это верно в теории, но не годится для практики» (1793), «Религия в пределах только разума» (1793).
