Революцию он воспринял неоднозначно: понимая пагубность существовавшей системы власти во Франции при Людовике XVI, он все же оставался преданным королю. Как либерал, не отказавшийся, однако, от дворянских традиций, Лафайет мечтал о совмещении монархии и порядка со свободой и торжеством демократических начал. В самый разгар борьбы между абсолютной монархией и якобинской демократией Лафайет пытался примирить обе стороны, однако это лишь возбудило недовольство и недоверие к нему обеих сторон. Марат несколько раз предлагал казнить Лафайета, а после бегства короля из Парижа на маркиза пало подозрение в пособничестве монарху. Даже принятые Лафайетом меры для возвращения короля не сняли с него необоснованных подозрений. Популярность Лафайета в народе достаточно сильно пошатнулась после того, как он принял участие в подавлении восстания 17 июля 1791 года на Марсовом поле.
В конце того же года Лафайет был послан командовать армией, собранной близ Меца. Оттуда он посылал письма в Законодательное собрание с протестами против его решений, однако они не возымели действия.
Тогда Лафайет покинул лагерь и явился в собрание с адресом офицеров, в котором содержалось требование наказания террористических клубов, восстановления авторитета законов и конституции и спасения королевского достоинства. Но большая часть собрания отнеслась к Лафайету враждебно, во дворце также отказались от его помощи.
После свержения монархии Лафайет отказался присягнуть республике и даже арестовал прибывших в его лагерь комиссаров. Объявленный изменником, Лафайет бежал в Нидерланды, где попал в плен к австрийцам и был заключен ими в Ольмюцкую крепость. Здесь он провел в ужасных условиях целых пять лет.
Военный переворот 18 брюмера (9–10 ноября 1797 года) привел к установлению диктатуры Наполеона Бонапарта и поставил точку в истории Французской революции. После объявления Наполеона императором Лафайет вернулся на родину, но держался вдали от дел и вступил опять на путь политической деятельности лишь во время «Ста дней». Наполеон предложил Лафайету звание пэра, но тот его не принял. Он был избран в палату депутатов и находился в оппозиции к правительству. В последующие годы он продолжал жить во Франции и Америке, обеспечивая нормальные отношения двух стран. Когда же встал вопрос о продаже Луизианы, бывшей французским владением, Лафайет приложил максимум усилий, чтобы эта территория перешла к США. Луизиана была продана за 15 миллионов франков, и на договоре о продаже со стороны Франции стояла подпись маркиза Лафайета.
