В 1700 году, воспользовавшись благоприятной политической обстановкой в Европе, Петр I начал войну против Швеции, вошедшую в историю под названием Северной войны. Она продолжалась до 1721 года и закончилась победой России. В ходе Северной войны, в которой активное участие принимал военно-морской флот, с особой яркостью проявился талант Апраксина как флотоводца, внесшего существенный вклад в развитие военно-морского искусства, особенно в области совместных действий армии и флота.
С 1708 года Апраксин стал носить титул генерал-адмирала. Осенью того же года он возглавил командование войсками, оборонявшими Ингерманландию от шведов. Шведская армия летом 1708 года начала наступление в направлении Петербурга с целью захвата города. Войскам Апраксина противостоял 12-тысячный корпус под командованием генерала Либекера, расположенный в районе Выборга. Наступление шведов летом 1708 года было замедлено из-за проливных дождей, превративших дороги в непролазную грязь. В конце августа шведы перешли реку Сестру и через несколько дней появились в селе Колтуши, создав непосредственную угрозу Петербургу. В распоряжении Апраксина имелось более 23 тысяч солдат, но большая их часть была распределена по отдельным укрепленным пунктам, так что против шведов он мог выставить отряд, значительно уступающий по численности войску Либекера.
Продолжая наступление, Либекер смог закрепиться на южном берегу Невы и обеспечить переправу через нее основных сил и продолжил дальнейшее движение вглубь Ингерманландии. Понимая, что остановить шведов в решающем сражении имеющимися у него силами будет крайне сложно, Апраксин решил взять шведов измором. Он нашел достаточно эффективный способ борьбы с противником. Отрезав его от баз снабжения и лишив подвоза продовольствия и боеприпасов, он держал корпус Либекера в постоянном напряжении и на голодном пайке. Апраксин стал систематически беспокоить шведов мелкими нападениями, разоряя край и уничтожая продовольствие. Голодные и измученные шведские войска, лишенные возможности вернуться к Выборгу, так как эту дорогу преграждали части Апраксина, подошли к Копорью, отказавшись от нападения на Петербург и надеясь достигнуть Выборга морем. Там, на Сойкиной мызе, стояла шведская эскадра и 29 сентября корпус Либекера начал погрузку на суда. Апраксин получил донесения о действиях шведов только 12 октября и бросился вдогонку за противником. Он успел лишь разгромить шведский арьергард, а основные силы шведов ушли на судах в Бьеркезунд. Шведская экспедиция окончилась неудачей. За проявленное воинское искусство и охрану Петербурга от вражеского нападения Петр I приказал выбить особую медаль с изображением на одной стороне портрета графа Апраксина и надписью: «Царского величества адмирал Ф.М. Апраксин», а на другой изображение флота, построившегося в линию, с надписью: «Храня сие не спит: лучше смерть, а не неверность».
