С тех пор как Пифагор покинул Грецию, там произошли большие изменения. Один из культурнейших центров, Самос в результате войны с персами превратился в отсталую провинцию. Свобода, а вместе с ней искусство и культура покинули Ионию. Лучшие умы, спасаясь от персидского ига, перебрались в Южную Италию, которую тогда называли Великой Грецией, и основали там города-колонии Сиракузы, Агригент, Кротон.
«Достигнув сорока лет, — говорит Аристоксен, — Пифагор, видя, что тирания Поликрата слишком сурова, чтобы свободный человек мог переносить ее надзор и деспотизм, уехал вследствие этого в Италию». Годом его отъезда с Самоса Аполлодор считал первый год 62-й олимпиады (532–531 год до н. э.), основываясь, как полагают, на сочинении самого Аристоксена, а Тимей — 529 год до н. э.Поликрат пришел к власти на Самосе около 540 года до н. э. и до 522 года до н. э. оставался единоличным правителем острова. Эпоха его правления была весьма благоприятна для Самоса: на острове велось большое строительство, его экономика процветала. Подобно многим греческим тиранам, Поликрат покровительствовал талантам: при его дворе жили поэты Ивик и Анакреонт, работали знаменитый врач Демокед и создатель самосского туннеля инженер Евпалин. Что же заставило Пифагора уехать с Самоса? Действительно ли связь с земельной аристократией, враждебной Поликрату? Или, как считают некоторые, политические мотивы его эмиграции просто выдуманы Аристоксеном, чтобы приписать ему славу тираноборца? Любой ответ здесь будет гипотетическим. Можно лишь полагать, что, будь Пифагор только философом и ученым, ему, вероятно, нашлось бы место под властью просвещенного тирана. Однако, он был еще и человеком с сильными политическими амбициями и посвятил политике немалую часть своей жизни. Трудно ли было ему понять, по прошествии нескольких лет тирании Поликрата, что Самос слишком мал для них обоих? Политическая карьера в условиях тирании могла вывести его только в приближенные тирана, но этот путь вряд ли подходил для такой личности, как Пифагор.
