Смелое сочинение вызвало осуждение еврейской общины. 27 июля 1656 года огромная толпа заполнила синагогу. Кантор произнес древние слова проклятия, Спиноза был торжественно изгнан из общины и объявлен недостойным называться евреем. Двадцатичетырехлетний мыслитель, которого прокляли раввины Амстердамской общины, не присутствовал на этой церемонии. В день анафемы он писал руководителям общины: «То, что вы со мной намерены сделать, вполне совпадает с моими устремлениями. Я хотел уйти по возможности без огласки. Вы решили иначе, и я с радостью вступаю на открывшийся передо мной путь…»
Порвав с общиной, Спиноза вынужден был покинуть отцовский дом в еврейском квартале. В течение трех лет изгнанник жил у друзей-коллегиантов. В это время главным образом он изучал произведения английского философа Фрэнсиса Бэкона «Новый органон», «Опыты и наставления», «Новая. Атлантида».
Однако члены раввината не оставили в покое отлученного и проклятого ими философа. В конце 1659 года Спинозу выдворили из Амстердама. Он уехал на родину коллегиантов, в Рейнсбург, и жил там до середины 1663 года. Философ сблизился с простыми людьми из народа, с крестьянами и ремесленниками, часто общался с ними. Узенький переулок, в котором жил философ, они назвали «Улицей Спинозы».
Из Рейнсбурга Спиноза руководил спинозистким кружком, который был организован в Амстердаме Симоном де Врисом. Здесь же, на родине Рембрандта, философ увлекся рисованием.
На «Улицу Спинозы» приезжали друзья, ученые и оптики, там велись беседы, охватывающие широкий круг вопросов науки и политики. Летом 1661 года Спиноза познакомился с Генрихом Ольденбургом, ученым секретарем Лондонского Королевского общества (английской Академии наук). Бенедикт откровенно раскритиковал основные положения философии Декарта и Бэкона и рассказал гостю о своих взглядах на Бога и природу, на единства тела и души, на совершенство и счастье. Ольденбург отметил Богатство знаний, глубину мысли и благородство Спинозы. В течение долгих лет они вели переписку. Первый труд Спинозы, связанный с Рейнсбургом, — это «Трактат об усовершенствовании разума».