После почти четырехлетнего пребывания в Кёльне Фома в 1252 году возвращается в Парижский университет, где последовательно проходит все ступени, необходимые для получения степени магистра теологии и лиценциата, после чего преподает в Париже теологию вплоть до 1259 года. Здесь из-под его пера выходит ряд комментариев, трудов и так называемых университетских диспутов, а среди них и комментарии к священному писанию (1254–1256). Здесь он также начинает работу над «Философской суммой» («Против язычников»).
В 1259 году папа Урбан IV вызвал его в Рим, пребывание в котором длилось вплоть до осени 1268 года. Появление Фомы при папском дворе не было случайным. Римская курия усмотрела в Аквинате человека, который способен дать трактовку аристотелизма в духе католицизма. Здесь Фома завершает начатую еще в Париже «Философскую сумму» (1259–1264), пишет ряд работ. Он приступает также к работе над главным трудом своей жизни — «Теологической суммой».
Осенью 1269 года по указанию римской курии Фома второй раз отправляется в Париж. Здесь стоит напомнить мнение Жильсона о мотивах его решения. Он пишет следующее: «Парижский университет в то время вновь становится ареной борьбы, на этот раз уже не между корпорациями (то есть между светским и монашеским духовенством), а между сторонниками различных доктрин. Именно в этот период св. Фома, с одной стороны, одержал победу над Сигером Брабантским и латинскими аверроистами, с другой же — над некоторыми французскими теологами, которые хотели сохранить в неизменном виде принципы августиновской теологии».
В этот период Аквинат пишет вторую часть «Теологической суммы» (1269–1272), комментарии к трудам Аристотеля и много других работ.
