В 1556 году Альба командовал испанскими войсками в войне с Пьемонтом, но затем по приказу Филиппа II прервал кампанию и двинул свои войска в Италию против папы Павла IV. Разорив грабежами всю церковную область, Альба уже подошел к Риму, но не решился овладеть силой этим священным для каждого католика городом. Однако он опустошил и разорил всю Италию до Неаполя и таким образом добился у папы заключения выгодного для Испании мира.
В следующем году герцог был назначен наместником в Нидерланды. Два года спустя здесь началось восстание против испанского владычества, которое ему было поручено подавить.
Поход в Нидерланды был организован с целью укрепления в этой стране католической веры и подчинения ее Филиппу II. Для этого герцог должен был «обезглавить» восставших, захватив самых видных руководителей – принца Вильгельма Оранского, Эгмонта, Горна и других. Имущество их, а это были в основном богатые люди, должно было быть передано испанской короне. Эгмонт и Горн были арестованы в сентябре 1567 года. Поставив своей задачей подавить восстание и истребить всех еретиков в Нидерландах, Альба учредил особый инквизиционный трибунал – «Совет мятежей», где он сам руководил пытками. И хотя этот совет, получивший в народе название «Кровавого совета», состоял из лиц, назначаемых лично Альбой, право окончательного решения Альба оставил за собой. За три месяца он отправил на эшафот около двух тысяч человек, привлекая людей к следствию по малейшему подозрению.
Принцу Вильгельму Оранскому и его брату Людвигу удалось избежать ареста, а приглашение явиться в суд они проигнорировали. Вскоре они начали борьбу с испанскими войсками. Несмотря на то что Альба прибыл в Нидерланды с хорошо обученным, закаленным в минувших боях 20-тысячным войском, а противостояли ему плохо обученные и неопытные войска принца Вильгельма Оранского, он так и не смог сломить сопротивление повстанцев. Альбе удалось нанести им целый ряд поражений, и все же шестилетняя борьба завершилась тем, что две богатейшие провинции (Зееланд и Голландия) были потеряны, став независимыми республиками, а Фландрии была возвращена автономия.
