В 404 году до н э. военные действия закончились. Афины потерпели поражение и были вынуждены заключить тяжелый для себя мир. Одним из его условий было возвращение всех изгнанников. Следующий год принес всем изгнанникам прощение – после восстановления демократии была объявлена амнистия. Но Фукидида она не коснулась. Для его возвращения в Афины, как для изменника, требовалось специальное постановление. Благодаря стараниям Ойнобия, который, возможно, был отцом стратега Евкла, командовавшего амфипольским гарнизоном, постановление было получено. (А если эти сведения принять за точные, то можно согласиться с теми историками, которые считали, что Фукидид пострадал незаслуженно.) Вернулся Фукидид в Афины около 400 года до н э.
Как и многие другие биографические сведения, время, причина и место кончины Фукидида точно не установлены. Павсаний, например, утверждает, что Фукидид был убит по дороге в Афины из ссылки. Плутарх и другие историки местом его кончины называют Фракию, но различные ее районы. Одни авторы его смерть считают естественной, другие – насильственной. Точно известно место его захоронения – усыпальница рода Кимона в Афинах, рядом с могилой Эльпиники – сестры Кимона.
«История» Фукидида была издана уже после его смерти. Как историк Фукидид ставил пред собой задачу отображать события наиболее объективно и придавал большое значение критической проверке сведений, которыми располагал для изложения. Он старался выяснить происхождение того или иного исторического явления, обращал особое внимание на причины и поводы событий. Фукидид исключает непосредственное вмешательство божественных сил в исторические события, хотя историк и не отвергает в принципе существования богов или божественного начала. Придавая первостепенное значение объективным историческим факторам, не только политическим, но и экономическим, он стремился подчеркивать роль и отдельных личностей, для характеристики которых использовал их же речи и выступления. Он воздерживался от эмоциональной оценки происходивших событий, не вдавался в мелкие подробности. Хотя Фукидид писал, прежде всего, военную историю, его отличает большое внимание к вопросам социально-политической борьбы. Одним из первых он оставил обстоятельные описания гражданских конфликтов, столкновений демократических и олигархических группировок.
