В марте 1385 года в Коимбре были созваны кортесы, которые провозгласили королем Жоана, и уже в июле португальцы нанесли войскам Хуана поражение при Тронкозо, а 14 августа между войсками произошла решительная битва при Альжубарроте, где португальцы одержали убедительную победу. Жоан храбро сражался в первых рядах своего войска, а после победы отдал воинам всю добычу, наградив также отличившихся титулами и землями. В последующие годы Жоан укреплял свою власть, приводя к подчинению те города и области, которые еще сохраняли верность кастильцам – Хуану и его жене Беатриш. Жоан даже предпринял поход в Кастилию, но он окончился неудачей. Борьба продолжалась еще много лет, пока в 1411 году был заключен прочный мир и кастильский король Хуан II окончательно отказался от претензий на Португалию.
Заключив мир с Кастилией, Жоан возобновил войну против неверных с целью захвата большого и богатого города Сеута в Африке. В военном походе его сопровождали три сына, и в июле 1415 года Сеута была взята португальцами.
Жоан I пребывал на троне почти 50 лет. До того как стать королем Португалии, он возглавлял Ависский орден. Духовно-рыцарские ордена всегда оставались военно-политической силой королевства. Нередко во главе ордена становился побочный сын короля – именно так эта должность магистра Ависского ордена досталась самому Жоану. Уже при нем во главе орденов оказались его многочисленные сыновья. Сохраняя значение военной опоры королевства, ордены начинают заниматься и другими видами деятельности, одним из которых стало освоение морских просторов и новых земель.
Эта деятельность достигла апогея при младшем сыне Жоана I, Генрихе, вошедшим в историю как Генрих Мореплаватель. Матерью Генриха была Филиппа, дочь Джона Гуанта, и по материнской линии Генрих приходился кузеном английскому королю Генриху V.
