В «Письмах о веротерпимости» и «Разумности христианства» он отстаивает идею отделения церкви от государства и религиозную веротерпимость. Она предполагает необходимость разделения между гражданской и религиозной сферами. Гражданская власть не может устанавливать законы в религиозной сфере Что же касается религии, то она не должна вмешиваться в действия гражданской власти, осуществляемой общественным договором между народом и светским государством.
Появление в свет «Опыта «произвело настоящую сенсацию в Англии. Правительство предложило Локку должность министра торговли и колоний Он занимал это место до тех пор, пока его расстроенное здоровье не потребовало удаления из Лондона. Припадки застарелой болезни, астмы, настолько усилились, что принудили его просить отставки у короля. Эта просьба очень огорчила Вильгельма. Король часто беседовал с философом о государственных делах и высоко ценил его советы. Локк как нельзя лучше воспользовался доверием короля и в одном из таких задушевных разговоров открыто высказал свое мнение об университетском образовании, которое в то время очень нуждалось в реформе, Локк объяснил королю также весь вред схоластического направления в науке.
Вильгельм Оранский, хотя и был ревностным кальвинистом, отличался большой терпимостью, полностью разделяя взгляды Локка на этот предмет. В 1695 году Локк написал сочинение «О разумности христианской религии», которое вовлекло его снова в политику и возбудило опять ненависть к нему схоластов. Оксфордский университет постановил по возможности препятствовать распространению сочинений Локка.
Здоровье Локка заметно ухудшалось. Он уезжает из Лондона в Уайт, местечко в графстве Эссекс Философ останавливается в доме рыцаря Мешема, за которым была замужем дочь его друга Кудворта, известного сочинениями духовного содержания. Леди Дэмерис Мешем вполне заменила ему дочь, и ей, бесспорно, принадлежит видное место в биографии философа. Она получила самое строгое религиозное воспитание. Идеи Локка пленяли ее ум, и его благочестие внушало ей глубокое уважение. Даже детей своих леди Мешем воспитывала в духе Локка, ей посвятил философ последнее издание своих «Мыслей о воспитании».