В помощь этому методу Милль привлекает так называемый исторический метод, или метод обратной дедукции. Из истории, по мнению Милля, можно извлечь эмпирические законы. Соединение этих законов с законами человеческого поведения по методу дедукции может служить целям создания науки о социальной динамике, то есть о развитии общества. Последняя книга «Системы логики» Дж. С. Милля оказалась незавершенной с точки зрения решения поставленных в ней проблем, поскольку она вышла далеко за пределы традиционной логики и коснулась широких мировоззренческих вопросов. В частности, в ней был подробно рассмотрен вопрос об ограниченности научных методов в познании действительности, в практической и общественной деятельности человека. Здесь же было намечено дальнейшее расхождение со взглядами Конта на задачи и цели социального развития, получившее более полное выражение в книге Дж. С. Милля «О. Конт и позитивизм» (1865).
Безусловно, в своем мировоззрении Милль придавал большое значение общественной роли просвещенных, образованных слоев, питая иллюзии относительно возможности исправления нравов, в том числе и социальных пороков, посредством воздействия одного просвещения. Но эти идеи, развитые наиболее полно в книге «О свободе» (1859), были далеки от мертворожденной схемы элитарного общества Конта, согласно которой аристократия духа должна занять положение господствующего класса. В плане политической деятельности этот идеал означал борьбу за создание равных условий всеобщего образования. «Идея интеллектуальной аристократии, когда все остальные пребывают в невежестве, совершенно не соответствует моим устремлениям», — писал он своему сотруднику и будущему биографу А. Бейну. Выступая против подавления свободы духа и против «тирании большинства», угрозу которой в условиях буржуазной демократии он остро осознавал, Милль одновременно призывал к тому, чтобы общество заботилось о создании равных начальных возможностей для всех своих членов. В экономической области он выступал за ограничение права наследования, считая, что результаты предприимчивости родителей не должны переходить по наследству их детям.