В последующие годы он совершает два продолжительных путешествия в Америку и на юг Европы, но в основном живет в Лондоне. Его цель — закончить свое громадное сочинение, которому он принес себя в жертву.
То, что Спенсер потратил более двадцати лет на воплощение своего проекта, объясняется прежде всего его слабым здоровьем. Как только ему становилось получше, философ сразу начинал интенсивно работать. И так — до конца жизни. Работа, работа, работа… Его силы все больше слабели, и наконец в 1886 году он должен был прервать свой труд на долгих четыре года. Но постоянные физические страдания не ослабили его духовную мощь. Последний том своего главного сочинения Спенсер издает осенью 1896 года.
Эта огромная работа состоит из десяти томов и включает «Основные начала», «Основания биологии», «Основания психологии», «Основания социологии». Спенсер считает, что в основе развития мира, включая и общества, лежит закон эволюции: «Материя переходит из состояния неопределенной, бессвязной однородности в состояние определенной связной разнородности», иначе говоря, дифференцируется. Этот закон он считает универсальным и на конкретном материале прослеживает его действие в различных сферах, в том числе и в истории общества. 
Признавая закономерность развития общества, Спенсер отказывается от различных теологических объяснений, а его понимание общества как единого живого организма, все части которого взаимосвязаны, наталкивает его на изучение истории и расширяет круг исторического исследования. По мнению Спенсера, в основе эволюции лежит закон равновесия: при всяком его нарушении его природа стремится вернуться к своему прежнему состоянию. Так как, по Спенсеру, главное значение имеет воспитание характеров, то эволюция совершается медленно, и Спенсер не так оптимистично настроен по отношению к близкому будущему, как Конт и Милль.
Умер Герберт Спенсер 8 декабря 1903 года в Брайтоне. Несмотря на слабое здоровье он прожил больше восьмидесяти трех лет.
Главные идеи Спенсера, чуждые при его жизни всему миру, теперь сделались достоянием всех образованных людей, и мы уже забываем и даже не думаем о том, кому мы ими обязаны.
