В середине декабря, расположив свою армию по квартирам на Нижней Висле, он отправился в Петербург для участия в заседаниях конференции по составлению плана кампании 1760 года. Петр Семенович хотел вести самостоятельные военные действия независимо от австрийцев, но постоянно встречал препятствия как со стороны конфедерации, так и со стороны союзников.
Вернувшись к армии в начале 1760 года, он решил, насколько возможно, беречь ее, избегая всяких решительных действий против прусских войск, чтобы не играть на руку союзникам, имевшим цель возложить главную тяжесть войны на русские войска, а самим действовать в зависимости от обстоятельств. До августа Петр Семенович руководил войсками, но затем из-за болезни, видимо сказались тяжесть последних сражений и нервные переживания, он сдает командование армией графу Фермору.
19 октября он уехал в Познань. В армию Салтыков вернулся только в январе 1762 года, когда вступивший на престол Петр III вновь назначил его главнокомандующим. Однако военные действия прекратились, и Салтыков почти не принимал участия в командовании разбросанной отдельными отрядами русской армии.
17 августа он выехал обратно в Петербург, где был встречен императрицей Екатериной II, только что воцарившейся на престоле. В день коронации он был пожалован шпагой, осыпанной бриллиантами.
В 1764 году Салтыков был назначен генерал-губернатором Москвы и сенатором. В его распоряжении были войска московского гарнизона, что помогало ему справляться с многочисленными разбоями и грабежами.
В конце 1770 года в Москве вспыхнула эпидемия чумы. На все просьбы Салтыкова разрешить свезти больных в ближайшие монастыри Екатерина II отвечала отказом. По ее приказу Москва была окружена карантинной линией – ни в город, ни из города нельзя было ни въехать, ни выехать. Тем самым город обрекался на гибель.
И Салтыков не стал исполнять приказов императрицы, что было воспринято как неумение и неспособность одряхлевшего главнокомандующего действовать сообразно обстоятельствам, и большая часть его обязанностей была возложена на генерал-поручика П.Д. Еропкина, который также не смог справиться с положением.
Эпидемия развивалась все сильнее, в сентябре смертность дошла до 900 человек в день. В городе стал ощущаться недостаток предметов первой необходимости, население охватила паника.
