В следующем году Юрий воспользовался смутами в Турции и с утверждением сейма вновь сделался князем Трансильвании. В Турции в это время великим визирем был воинственный Кеприни, который вторгся в Трансильванию и страшно опустошил ее. Трансильванским князем был назначен Борчай, с которым у Юрия разгорелась война. В сражении у Самошфальви Ракоци был смертельно ранен.
Сын его Ференц I, лишенный княжеского трона, сблизился с венгерскими протестантами, которые готовили заговор против императора. Однако заговор скоро был открыт, его участники были обманом заманены в Вену и там казнены. Сам Ференц Ракоци спасся от смерти только благодаря своей матери Софии Батори, ревностной католичке, заметной фигуре при дворе.
Сын Ференца I, Ференц II Ракоци, стал наиболее значительным представителем этого рода. Его матерью была Илона Зриньи, которая, потеряв мужа, вышла замуж за великого борца за венгерскую независимость Имре Текели.
Восстание, поднятое Текели, окончилось неудачей. Австрия не только удержала за собой Венгрию, но и заставила Турцию отказаться от Трансильвании. Текели бежал в Турцию, а Ференц, по условиям капитуляции (1688) крепости Мункач – родового замка Ракоци – был отнят у матери и отдан на воспитание в иезуитскую школу. Опекуном Ракоци был кардинал Леопольд Колонич, который взял на себя труд «приучить мальчика верности и любви к своему естественному господину и наследственному королю». Школа находилась в Чехии, в монастыре, и воспитание там проходило в строгом католическом духе.
Однако иезуиты не могли изменить свободолюбивый характер Ракоци, а непримиримая вражда к австрийскому дому была семейной традицией рода – дед, отец, мать и отчим Ференца были активными участниками и руководителями антигабсбургских выступлений. Но в Вене считали Ференца Ракоци «надежным человеком». Он получил прекрасное образование сначала в Пражском университете, а затем в Италии. В Германии ему присвоили громкий титул «имперского князя», и он женился на герцогине Амалии Гессен-Рейнфельз, немецкой принцессе, связанной кровными узами с французским королевским двором, что для Ракоци в дальнейшем имело большие политические последствия. Став в 1692 году главою комитата Шарош, Ракоци начал готовить восстание в Венгрии и завел связи с Версальским двором.
