В тот же день на северной оконечности острова Лусон японцы высадили несколько десантных групп, которые через несколько дней овладели расположенными там американскими базами и стали продвигаться на юг, где сосредоточились основные силы Макартура. В течение последующих двух недель японская армия высадила в различных частях острова еще несколько соединений, которые также начали двигаться к столице Филиппин Маниле.
Учитывая тяжесть положения, Дуглас Макартур решил вывести свои войска из неукрепленной столицы. 2 января 1942 года под натиском противника американская армия оставила Манилу и сосредоточилась на полуострове Батаан и в островной крепости Коррегидор, которые прочно запечатывали вход в Манильскую бухту. Макартур решил закрепиться на этом плацдарме и удерживать его до последнего. Для японского командования такой поворот событий был полной неожиданностью. При планировании захвата Филиппин Ставка исходила из того, что основные части армии США окажутся разбитыми в генеральном сражении за столицу, и абсолютно не была готова к затяжной осаде Батаана. Японское командование даже не имело разведданных о состоянии оборонительных сооружений в этом районе. Попытка с ходу выбить Макартура с Батаана захлебнулась. Ему даже удалось окружить и почти полностью уничтожить одну японскую дивизию.
Начальник штаба японской армии, атаковавшей генерала Макартура, писал в Ставку о том, что продвижение частей японской армии очень затруднено, возникли трудности со снабжением и армия понесла большие потери. Несмотря на это, положение войск Макартура было практически безнадежным. Войска было невозможно снабжать ни воздушным, ни морским путем. Только подводные лодки, прорывая блокаду, доставляли особо ценные предметы снабжения. Поэтому запасы продовольствия и боеприпасов постепенно сокращались. 11 марта 1942 года по приказу командования Макартур покинул Коррегидор. Его обязанности принял генерал-лейтенант Уэйнрайт. 3 апреля японская армия перешла в наступление и к 10 апреля полностью захватила Батаан. 36 тысяч американских и филиппинских солдат и офицеров попали в плен. Тем не менее в руках армии США оставался остров Коррегидор. Гарнизон крепости держался до 6 мая, когда после кровопролитнейших боев с японскими десантами генерал Уэйнрайт, понимая бесполезность дальнейшей борьбы, капитулировал.
