В университетской среде он находит людей, близких по духу. Кружок, который со временем стал называться «Братством», сложился к окончанию Владимиром университета, и тридцать пять лет его члены находились в постоянной переписке и встречались, когда такая возможность представлялась, 30 декабря. В «Братство» входили кроме Вернадского востоковед С. Ольденбург, его брат педагог-просветитель Ф. Ольденбург, писатель и общественный деятель Д. Шаховской, историки А. Корнилов и И. Гревс, геоботаник А. Краснов (товарищ Вернадского еще по гимназическим годам) и другие. К кружку примкнула группа девушек, занимавшихся изданием и распространением литературы для народа (среди них была Наталья Егоровна Старицкая, вскоре ставшая женой Вернадского). Важнейшими правилами своей жизни они объявили: «1. Работай как можно больше. 2. Потребляй (на себя) как можно меньше. 3. На чужие беды смотри, как на свои». Примечательно, что эти принципы члены кружка свято соблюдали всю жизнь.
После завершения учебы Вернадский становится хранителем Минералогического кабинета Петербургского университета. Сфера его научного интереса — минералогия, кристаллография, почвоведение. Одновременно он участвует в заседаниях научно-литературного общества и возглавляет Совет объединенных землячеств университета. Ему небезразличны политические проблемы России и неприемлем курс царствования Александра III. В результате последовали донос и угрозы отставки. Владимир Иванович сумел получить заграничную командировку для подготовки к профессорскому званию, на несколько лет он покидает Россию. В Германии, Англии, Италии и Франции Вернадский занимался кристаллографией, серьезно изучал литературу по истории естественных, гуманитарных и технических наук. В 1890 году Вернадский был научным консультантом почвоведческого раздела русского павильона Всемирной выставки в Париже.