В Виттенберге Бруно встретил самый радушный прием. Оказалось достаточным одного лишь заявления, что он, Бруно — питомец муз, друг человечества и философ по профессии, чтобы тотчас быть внесенным в список университета и получить, без всяких препятствий, право на чтение лекций. Бруно остался очень доволен приемом и в порыве благодарности назвал Виттенберг немецкими Афинами. Здесь, в центре лютеранской Реформации, Бруно прожил два года. Пользуясь относительной свободой преподавания, он мог в своих университетских лекциях излагать идеи, провозглашенные на диспутах в Оксфорде и Париже. В Виттенберге Бруно опубликовал несколько работ по Луллиевой логике и «Камераценский акротизм» — переработку и обоснование тезисов, защищавшихся им в коллеже Камбре.
Когда к власти в Саксонии пришли кальвинисты, ему пришлось покинуть Виттенберг. В прощальной речи 8 марта 1588 года он вновь подтвердил свою верность принципам новой философии. Прибыв осенью того же года в Прагу, Бруно опубликовал там «Сто шестьдесят тезисов против математиков и философов нашего времени», в которых намечался переход к новому этапу его философии, связанному с усилением математических интересов и разработкой атомистического учения.
В январе 1589 года Бруно начал преподавать в Гельмштедтском университете. Старый герцог Юлий Брауншвейгский, враг церковников и богословов, покровительствовал ему. После смерти герцога (памяти которого философ посвятил «Утешительную речь») Бруно был отлучен от церкви местной лютеранской консисторией. Положение его в Гельмштедте стало крайне неустойчивым. Постоянных заработков не было. Приходилось кормиться частными уроками. Денег не хватало даже на то, чтобы нанять возницу для отъезда из города.
