Вернувшись ко двору, Колиньи вначале не хотел афишировать смену религии. Но в 1560 году на съезде нотаблей Колиньи открыто объявил себя кальвинистом и подал от имени реформаторов записку королю с просьбой предоставить им несколько храмов для богослужения. Генрих II пришел в ярость, узнав о «предательстве» Колиньи, и в присутствии двора устроил неприглядную сцену, сорвавшись на крик и запустив в адмирала серебряным блюдом. Затем Колиньи был лишен всех должностей и арестован.
В начале войны между католиками и гугенотами Колиньи стал помощником принца Конде – мужа своей племянницы, а после сражения при Дре, когда Конде был взят в плен, принял на себя главное командование. Первый этап гражданской войны закончился заключением Амбуазского мира, выгодного для католиков.
Для адмирала наступило время тяжелых утрат. Он за короткое время потерял старшего сына, младшего брата, а через год и жену. Колиньи становился все более суровым, склонным к фатализму, а проводимые им военные действия делались более жестокими в отношении населения.
После убийства герцога Франсуа Гиза в 1563 году Колиньи обвинили в организации этого убийства. Семья герцога требовала для адмирала смертной казни, но король Карл IX объявил об оправдании Колиньи. Тогда Гизы, а вместе с ними и Монморанси, так и не простивший племяннику ухода от католицизма, поклялись отомстить адмиралу, покарав его смертью.
В 1567 году гугеноты вновь взялись за оружие и вели войну весьма успешно благодаря стратегическому искусству Конде и Колиньи. Им удалось быстро занять Париж и Сен-Дени. Необычайная активность Колиньи в этих войнах возбуждала к себе ненависть всех католиков во главе с Гизами. Они добились того, что адмирал был осужден Парижским парламентом за государственную измену, а приговор по делу Колиньи от 12 сентября 1569 года гласил: «Колиньи виновен в оскорблении величества, он – нарушитель и губитель мира, враг спокойствия, тишины и общественной безопасности, организатор и возмутитель вооруженного мятежа и заговора, направленных против короля и государства».
Адмирал уже несколько раз подвергался нападениям наемных убийц, но смог счастливо избегать трагического конца. В сражении при Жарнаке погиб принц Конде. Его сын и Генрих Наваррский были еще очень молоды, чтобы быть во главе протестантов. И адмирал Колиньи стал главой партии гугенотов – более значительной фигуры в лагере протестантов не было. Его авторитет покоился не только на знатном происхождении и воинских заслугах, но и на личных нравственных качествах. Даже католик Брантом признавал Колиньи человеком достойным. Он писал: «…мы должны считать господина адмирала блестящим и совершенным полководцем, он был наделен мудростью и умением руководить».
