Здесь Флоренский возвращается к миропониманию Аристотеля, Птолемея и Данте. Для него, в отличие от многих математиков и физиков, конечность Вселенной является реальным фактом, не столько опирающимся на математические выкладки, сколько вытекающим из общечеловеческого мировоззрения.
«Принцип относительности, — писал Флоренский в 1924 году, — был принят мною вовсе не по долгому обсуждению и даже без изучения, а просто потому, что был слабою попыткою облечь в понятие иное понимание мира. Общий принцип относительности есть, в некоторой степени, огрубленная и упрощенная моя сказка о мире».
Флоренский полагал, что физика будущего, уйдя от отвлеченности, должна создавать конкретные образы, следуя Гете-Фарадеевскому миропониманию.
В 1929 году в письме к В. И. Вернадскому, развивая его учение о биосфере, Павел Александрович пришел к мысли «о существовании в биосфере того, что можно было бы назвать пневматосферой, то есть о существовании особой части вещества, вовлеченной в круговорот культуры или, точнее, круговорот духа». Он указал «на особую стойкость вещественных образований, проработанных духом, например, предметов искусства», что придает культуроохранительной деятельности планетарный смысл.
Летом 1928 года Флоренский был сослан в Нижний Новгород. Хотя через три месяца он был возвращен и восстановлен в должности по ходатайству Е. П. Пешковой, обстановка в Москве к тому времени была такой, что Флоренский говорил: «Был в ссылке, вернулся на каторгу».
Авторы всевозможных пасквилей пытались представить его как закоренелого врага и тем подготовить общественное мнение к осознанию неизбежности и необходимости репрессий. Особенно жестокой травле подвергся Флоренский за истолкование им теории относительности в книге «Мнимости в геометрии» и за статью «Физика на службе математики» («Социалистическая реконструкция и наука», 1932).
26 февраля 1933 года Флоренский был арестован по ордеру Московского областного отделения ОГПУ, а 26 июля 1933 года осужден особой тройкой на 10 лет и отправлен по этапу в восточно-сибирский лагерь. 1 декабря он прибыл в лагерь, где его определили работать в научно-исследовательском отделе управления БАМЛАГа.