Жизнеутверждающий оптимизм сменяется пессимистическим миросозерцанием, рационализм — мистикой, учение о природе меняет свою первоначальную натуралистическую окраску на религиозную. Все эти перемены происходят в рамках философии тождества, принципов которой Шеллинг придерживался на протяжении первого десятилетия XIX века.
С 1806 года Шеллинг живет в Мюнхене, где становится членом Академии наук и секретарем Академии изящных искусств. Осенью 1807 года умирает его жена — Каролина. Это был тяжелейшей удар для Фридриха. Каролина была не просто любимой женщиной, другом, она была частью его самого, сокровенным возбудителем творчества. Он проживет еще много лет, больше, чем прожил. Его будут посещать оригинальные мысли, но все останется незавершенным, из печати не выйдет ничего значительного. В истории культуры трудно найти другой пример того, чтобы женщина значила так много в творческой жизни философа.
Именно после ее смерти он становится глубоко верующим человеком и пытается разрабатывать позитивную философию, или философию откровения, в которой откровение ставит выше разума. Местный юрист Эбергард Фридрих Георгии предлагает Шеллингу рассказать о своей философии в узком кругу заинтересованных лиц. Шеллинг соглашается, просит только, чтобы слушателей было как можно меньше, чтобы встречи носили характер не лекций, а собеседований. Так начинаются «Штутгартские беседы». «Шеллинг вернул Бога миру, откуда его изгнали своим умничаньем ученики Канта», — писал королю Вюртемберга куратор Тюбингенского университета Вангенгейм, участник «Штутгартских бесед».
Избавленный от необходимости преподавать, он посвящает свободное время упражнениям в магии и размышлениям над ее тайнами. Во время продолжительного отпуска в 1810 году, проведенного им в Штутгарте, Шеллинг развивает в частных лекциях учение о личном бессмертии. На сдвиг в мировоззрении мыслителя указывает его (последняя из изданных им самим) работа «О самофракийских божествах» (1815), появившаяся в качестве приложения к более значительной, но так и не опубликованной им работе о мировых эпохах.
Шеллинг занят теперь проблемами божественной истории, которая переживается человеком как самооткровение Бога сначала в мифологических воззрениях древних, а затем в христианской религии, соответственно чему новая система его так называемой позитивной философии подразделяется на философию мифологии и философию откровения. После ухода из жизни Каролины Шеллинг уверовал в бессмертие и при этом сохранил свою оппозицию идеализму. Как совместить противоположные позиции?
