Бэкона приговорили к уплате 40 тысяч фунтов штрафа, заключению в Тауэр, лишению права занимать какие-либо государственные должности, заседать в парламенте и быть при дворе. Через два дня он был освобожден из заключения, а вскоре освобожден и от штрафа. Ему было разрешено являться ко двору, и в следующем парламенте он уже мог занять свое место в палате лордов. Но его карьера государственного деятеля была загублена.
«Возвышение требует порой унижения, а честь достается бесчестием. На высоком месте нелегко устоять, но нет и пути назад, кроме падения или по крайней мере заката — а это печальное зрелище» — писал Бэкон в эссе «О высокой должности».
Справедливость этих слов подтвердила и судьба их автора.
В 1620 году Бэкон опубликовал свое основное философское сочинение — «Новый Органон» — по замыслу вторую часть так и незавершенного главного труда своей жизни — «Великого Восстановления Наук». Теперь он весь отдается творчеству. Он составляет сборник английских законов, работает над историей Англии при Тюдорах, готовит третье издание «Опытов или наставлений» и, наконец, в 1623 году публикует свой самый объемистый труд «О достоинстве и приумножении наук» — первую часть «Великого Восстановления Наук».
В эти же годы он пишет утопию «Новая Атлантида». Свой «Новый Органон» Бэкон посвятил Якову I, который, по его словам, напоминал ему мудреца Соломона. Перед очами Якова I он и «зажег новый светильник во мраке философии прошлого». На обложке «Нового Органона» был нарисован корабль, готовый пройти Геркулесовы столбы Бэкон теперь считал себя просветителем мира, посланным свыше. А прежде он отличался большею скромностью, когда писал лорду Солсбери: «Я только звонарь, который встал раньше других для того, чтоб всех созвать в церковь».