Боливар составил записку, в которой косвенно обвинял национальное собрание, заявляя, что все неурядицы в республике происходят из-за слабости исполнительной власти. Посещая затем департаменты, Боливар собирал народные собрания в Боготе, в Картахене, Каракасе, на которых его убедительно просили взять в свои руки высшую власть.
Тем временем перуанцы отвергли Боливийский кодекс и отняли у Боливара титул пожизненного президента. Лишившись власти в Перу и Боливии, Боливар 20 июня 1828 года вступил в Боготу, где учредил свою резиденцию в качестве правителя Колумбии. Но уже 25 сентября федералисты ворвались в его дворец, убили часовых, сам Боливар спасся лишь чудом. Однако основная масса населения выступила на его стороне, и это позволило Боливару подавить мятеж, который возглавлял вице-президент Сантандер. Глава заговорщиков вначале был приговорен к смертной казни, а затем выслан из страны вместе с 70 своими сторонниками.
На следующий год анархия усилилась. 25 ноября в самом Каракасе 486 знатных граждан провозгласили отделение Венесуэлы от Колумбии. Боливар, дело которого окончательно рушилось, постепенно терял всякое влияние и власть.
В своей записке, поданной им конгрессу, собравшемуся в Боготе в январе 1830 года для реформы государственного устройства Колумбии, Боливар жаловался на несправедливые обвинения против него, которые доносились из Европы и Америки. Он несколько раз предлагал свою отставку, которая, однако, не была принята.
Тогда Боливар в последний раз попытался начать борьбу с Паэсом, который так сильно укрепился в провинции Мараканто, что не было возможности атаковать его. Не выдержав напряжения борьбы, Боливар 27 апреля вновь подал просьбу о своей отставке. 4 мая президентом был избран Х. Москера.
Боливар удалился в Картахену, где 17 декабря 1830 года скончался, восклицая перед смертью: «Единение, единение».
Лишь после смерти Боливара его соотечественники поняли важность понесенной потери. В 1832 году прах Боливара был с большим торжеством перенесен в Каракас, где была сооружена триумфальная арка в память освободителя. Память Боливара была почтена не только сооружением ему памятников в Каракасе, Боготе и Лиме, но и наименованием одного из городов Венесуэлы Боливаром и сохранением названия Боливия за одной из освобожденных им провинций, ставшей впоследствии самостоятельным государством.
