Еще мальчиком Хомяков был глубоко религиозен. В семилетнем возрасте его привезли в Петербург. Он нашел этот город языческим и решил быть в нем мучеником за православную веру. Почти в это же время Хомяков брал уроки латыни у французского аббата Буавэна. Найдя опечатку в папской булле, он спросил своего учителя: «Как вы можете верить в непогрешимость папы?».
Хомяков был страстным приверженцем освобождения славян и не переставал мечтать о их восстании против турок. В семнадцатилетнем возрасте он бежал из родного дома, чтобы принять участие в борьбе греков за независимость, но был задержан в окрестностях Москвы.
Учился Хомяков в Московском университете, окончил его физико-математическое отделение в 1822 году. С 1823 по 1825 год он находился на службе в кавалерийском полку. Вот что говорил после смерти Хомякова его командир: «… образование его было поразительно превосходное. Какое возвышенное направление имела его поэзия! Он не увлекался направлением века к поэзии чувственной. У него все нравственно, духовно, возвышенно. Ездил верхом отлично, по всем правилам берейторской школы. Прыгал через препятствия в вышину человека. На эспадронах дрался превосходно. Обладал силою воли не как юноша, но как муж, искушенный опытом. Строго исполнял все посты Православной Церкви, а в праздничные и воскресные дни посещал все Богослужения».
По определению П. А. Флоренского, он был «целомудренный в выражении своей внутренней жизни, и даже до скрытности, весь цельный, и гордый своей цельностью, не допускавший в себе рефлексии над собою»
5 июля 1836 года Хомяков женился на сестре поэта Н. М. Языкова Екатерине Михайловне. Этот брак оказался счастливым. Семейство Хомякова было многочисленным — пять дочерей и четыре сына.