Конфуций принадлежал к старинному аристократическому роду, генеалогия которого восходила к династии Шан-Инь, правившей Китаем до XI века до н. э. После гибели иньцев под ударами Чжоу (1027 год до н. э.) один из потомков династии Шан-Инь получил от чжоусцев в управление удел Сун. Родственником сунского правителя был Кун, который в VIII веке до н. э. занимал должность главнокомандующего войсками удела (сыма), уже превратившегося в достаточно крупное царство. Всесильный министр-правитель царства Сун захотел, согласно преданию, отобрать у Куна его жену. Сложная любовно-политическая интрига, как она описана в хронике-летописи «Цзо-чжуань», привела к тому, что сунский правитель, не одобривший намерений интригана, был устранен с престола, а при его преемнике всесильный министр добился своего. Кун был убит, а его жена с почестями переведена в дом министра, где добродетельная дама, однако, повесилась на своем поясе. Следствием интриги стало вынужденное бегство уцелевших членов клана в царство Лу, где спустя некоторое время и родился Кун Фу-цзы. Имя Конфуций — латинизированная форма китайского имени Кун Фу-цзы, то есть «учитель Кун».
Его отец Шу-лян Хэ был бравым солдатом, впоследствии комендантом крепости Цзоу, причем предания рисуют его человеком огромного роста и необычной силы, прославившимся воинскими подвигами Хэ имел жену и девять дочерей, но не имел сына. Правда, наложница родила сына, но тот оказался калекой. И тогда, уже на рубеже восьмого десятка, старый воин решил еще раз жениться. На сей раз он взял в жены молоденькую девушку из рода Янь. Через положенный срок на свет появился мальчик, которому были даны имена Цю и Чжунни.
Конечно, многое в этой истории приукрашено, истинных сведений о детстве великого мудреца известно очень мало. Его мать овдовела, когда ему было три года. Рассказывают, что в детстве он любил играть с ритуальными сосудами и повторять увиденные им церемониальные обряды. Неясно, где и сколько он учился, если учился вообще (речь идет о школах для молодых аристократов), но несомненно, что мальчик был любознательным и способным и всегда стремился к знаниям.