На зиму из Бари они вернулись в Рим и сразу же собрались в Лион. Но папа не хотел отпустить Ансельма, потому что на Пасху был назначен собор в Латеране. Этот собор (апрель 1099 году) возобновил все постановления церкви о дисциплине клириков симония, брак и инвеститура трактовались с прежней строгостью. Английские клирики здесь своими ушами могли слышать декрет об отлучении всех тех, кто выдавал и принимал инвеституру. Все вновь выражали горячее сочувствие Ансельму, борцу за суверенитет церкви, каким он теперь уже был в общем представлении.
Сразу же по окончании собора Ансельм и его товарищи отправились в Лион. В июле, находясь там, они узнали о смерти Урбана. Лето Ансельм провел во Франции. Он помогал своему другу Хуго Лионскому, ездил по монастырям и аббатствам, освящал, причащал. Народ, естественно, ждал от него чудес вроде исцелений, но чудеса творить Ансельм совестился и не давал себя поймать.
Вначале августа английского короля Вильгельма застрелили на охоте в лесу Через три дня его младший брат Генрих был коронован в Вестминстере. Ансельм узнал о смерти Рыжего, когда гостил в аббатстве в Оверни. Новость потрясла его, он оплакивал Вильгельма и, не переставая молиться о душе усопшего, срочно вернулся в Лион, куда начали прибывать гонцы от нового короля с требованием немедленного возвращения архиепископа Кентерберийского.
Отношения с Генрихом у Ансельма в целом складывались неплохо. Он оказал новому королю еще одну важную услугу. Когда Роберт возвратившийся из Палестины, с отрядом войск высадился в Портсмуте, большинство нормандских «танов» переметнулось на его сторону. Генрих хотел, чтобы народ присягнул ему. «Народ» же сделал арбитром в этом деле Ансельма, который поддержал Генриха и помог склонить на его сторону нормандцев.
И все же при Генрихе Ансельму тоже пришлось отправиться в изгнание. Новый король не отменил обычай инвеституры. Поэтому, когда на первой их встрече в Солсбери Генрих потребовал от Ансельма еще раз принести присягу, Ансельм воспротивился. Он только что вернулся с Латеранского собора, на котором было ясно сказано всякий, кто осмелится принять или вручить инвеституру, отлучается от церкви.