Он работал над ней до конца своей жизни, так и не успев завершить свой труд, который остался в виде записей (названных при издании фрагментами) на отдельных листах бумаги, лишь частично им классифицированных по темам и в соответствии с замыслом «Апологии». Множество других фрагментов не имело прямого к ней отношения и касалось, в общем, философских воззрений Паскаля: о природе, человеке, познании, различных направлениях в философии и др. Эти записи (выборочно, с целью прославить Паскаля как святого!) были впервые опубликованы Пор-Роялем в 1669 году под названием «Мысли г. Паскаля о религии и о некоторых других предметах».
Паскаль работал с увлечением и, как всегда, самозабвенно. За короткий период (до лета 1659 года) он создал ряд превосходных трактатов по циклоиде и проблемам, с нею связанным. Близок был Паскаль и к открытию дифференциального исчисления.
Как уже не раз случалось в жизни Паскаля, после мощного взлета творческой активности он тяжело заболел и осенью 1659 года вынужден был оставить науку, отныне и навсегда. От этого заболевания он не оправился до конца своей жизни, который был уже близок. В связи с болезнью в 1659 году Паскалем написана «Молитва к Богу об обращении во благо болезней», в которой он рассматривает свою «неправедную жизнь». Нет, он не просит Бога избавить его от тяжких страданий, но умоляет его не оставить своим утешением и милостью. Поистине он относился к «тем праведникам, которые считали себя грешниками в отличие от тех грешников, которые мнили себя праведниками» (его собственное высказывание о других). И как «раскаявшийся грешник» он не довольствовался теми страданиями, которые Бог соблаговолил послать ему в назидание, но и сам — охотно и добровольно — усугублял их «в угоду Господу».
Мало того, что он отказывал себе в полноценном питании, в котором крайне нуждался по состоянию здоровья, он еще носил на своем теле пояс, усеянный гвоздями, по которому ударял всякий раз, когда «забывал» о служении Господу.
Смерть любимой сестры обострила душевную боль Паскаля. Блез всего на 10 месяцев пережил Жаклин. Предчувствуя свой конец, он торопился сделать людям как можно больше добра, оставаясь при этом в тени. «Тайные добрые дела дороже всего», — любил он повторять. Он не хотел, чтобы люди к нему привязывались, ибо своей скорой смертью он причинил бы им огорчение. Желая облегчить участь бедняков, он в январе 1662 года организовал в Париже движение «карет по пять су», положившее начало общественному транспорту. Он отправил деньги голодающим беднякам в другие города. Незадолго до своей смерти Паскаль приютил у себя семью бедняков, в которой вскоре заболел оспой ребенок. Чтобы не заразить детей Жильберты, навещавшей его каждый день, он оставил свою квартиру беднякам, а сам перебрался к ней. Через два месяца, 19 августа 1662 года, в Париже Паскаль скончался в возрасте 39 лет.
