Ортодоксального католика возмутили пантеистические мотивы, сквозившие в философии Кузанца. Само понятие «пантеизм» появилось в литературе гораздо позже, два с половиной столетия спустя, — от греческих «пан» (все) и «теос» (Бог), — но мы прибегаем к нему для краткости, чтобы подчеркнуть самое главное, что шло вразрез с устоявшимися взглядами. Критика со стороны ортодоксального богослова насторожила Николая Кузанского («Мне сегодня попалась книжонка одного не только невежественного, но и наглого человека, называющего себя магистром теологии…» — писал он), и впредь он высказывался осторожнее. К тому же и кардинальское положение его обязывало.
В «Апологии ученого незнания» (1449) он постарался ответить на предъявленные ему обвинения, доказывая согласованность своих суждений с мнениями церковных авторитетов, хотя за благопристойной формой этого и последующих его сочинений нельзя не разглядеть все той же линии.
«Что Бог во всем и все в нем — известно из апостола Павла и всех мудрецов. Но этим никто не утверждает сложности в Боге, так как все в Боге — Бог: земля в Боге не земля, но Бог и так далее. Этот человек совершенно ничего не понимает, раз делает вывод о несовместимости этого с простотой Бога. Как с простотой единства согласуется то, что в нем свернуто пребывает всякое число, так с простотой основания — все обоснованное».
«Апология ученого незнания» знаменует собою известный поворот в творчестве Николая: последующие работы написаны им с большей осторожностью; по-видимому, он не хотел давать поводов для обвинений.
В 1450 году вышли четыре книги Кузанца под общим названием «Простец» — два диалога «О мудрости», диалоги «Об уме» и «Об опытах с весами». Эти книги написаны в форме беседы простеца с философом и ритором, в ходе которой простой, невежественный человек из народа поучает «ученых» в деле постижения высшей мудрости. Простец представляет здесь точку зрения, обоснованную в трактате «Об ученом незнании».