Повелитель правоверных, таким образом, не только приблизил к себе сорокатрехлетнего ученого, но и дал ему официальное задание — заняться комментированием Аристотеля. Одновременно Ибн Рушд был назначен кадием Севильи. Несколько месяцев спустя им была завершена работа над толкованием аристотелевской книги «О возникновении животных».
В 1171 году Ибн Рушд вернулся в Кордову, где вскоре занял уже ставшую наследственной в его роду должность великого кадия. Государственная служба, несмотря на свои положительные стороны, отнимала много времени и отвлекала от осуществления научных замыслов. В одном из своих трудов философ жалуется, что мог допустить кое-какие ошибки, поскольку был занят посторонними неотложными делами и не имел под рукой нужных источников, оставшихся в его кордовском доме, в другом сочинении он сетует на то, что недостаток времени вынудил его ограничиться наиболее важными вопросами, сравнивая себя с погорельцем, который выхватывает из огня лишь самые необходимые пожитки.
В 1182 году Ибн Рушд замещает Ибн Туфейля на должности лейб-медика халифа.
В 1184 году, после смерти Абу-Якуба, халифский престол перешел к его сыну Абу-Юсуфу Якубу. У нового правителя Ибн Рушд был в не меньшем фаворе, чем у прежнего. Часами, бывало, засиживался он в покоях халифа на подушке, отведенной для самых близких друзей хозяина, ведя с ним ученые беседы и время от времени обращаясь к нему со словами: «Послушай, брат мой». А между тем над ним уже сгущались тучи.
Гроза разразилась в 1195 году, когда Абу-Юсуф повелел сжечь сочинения Ибн Рушда а самого философа сослал в местечко аль-Ясана, близ Кордовы. Распоряжение было отдано халифом в Кордове тогда, когда он возвращался из похода на кастильцев.