Система ведения войны, примененная Мольтке, была основана прежде всего на подготовке орудия войны к действию во всех отношениях. Стратегия Мольтке основывалась на действиях, почти без применения военной хитрости, с расчетом исключительно на сокрушительную мощь превосходящих сил.
Вступив в роль стратега 64 лет от роду, не командовав до этого времени какой бы то ни было крупной войсковой массой, Мольтке, тем не менее, сразу показал себя человеком вполне привычным к командованию войсками и управлял ими твердо и без колебаний. Успешно разрешив сложную задачу управления полумиллионной армией путем разделения ее на несколько отдельных армий, Мольтке оставил за собой лишь постановку общих целей, детали же управления предоставил командующим армиями. Он вмешивался в детали исполнения в случае крайней необходимости.
Прусская армия была готова броситься на врага, точно зная, что и как нужно делать. Первый опыт войны с Данией 1864 года, которая велась в союзе с Австрией, нужен был Мольтке для того, чтобы увидеть на деле все плюсы и минусы австрийской армии. Как только Дания была раздавлена, Мольтке сразу же принялся за составление плана войны с Австрией, принимая во внимание медлительность австрийцев, нерешительность их генералов и поставив залогом успеха быстрое наступление с целью захватить противника врасплох.
Перед началом войны 1866 года был созван военный совет, на котором Мольтке доложил свой план действий против Австрии. Против этого плана высказался начальник штаба 1-й армии генерал Фохтс-Рец, но военный совет принял план Мольтке, который воспроизвел план Фридриха Великого 1757 года – наступление на Богемию по горным проходам.
В целях выигрыша времени Мольтке использовал все имевшиеся в его распоряжении железные дороги для переброски прусских войск на фронт протяженностью свыше 400 километров. Его замысел состоял в том, чтобы быстрым концентрическим наступлением через пограничный горный пояс сосредоточить свои армии в центральной части северной Богемии. Первоначально план Мольтке предусматривал два варианта действий. Если бы выяснилось, что предполагаемая позиция австрийцев в район Йожефштадта за Эльбой окажется неустойчивой, то армия кронпринца маневром в восточном направлении должна была нанести удар во фланг, в то время как две другие армии должны были сковать австрийцев с фронта. Если бы проводить наступление оказалось нецелесообразным, то все три армии должны были двинуться в западном направлении, переправиться через Эльбу в районе Пардубице (42 километра восточнее Колина), а затем, повернув на восток, создать угрозу коммуникациям противника, идущим в южном направлении.
