Результатом разносторонних научных изысканий аль-Фараби явился трактат «О классификации наук», в котором в строгом порядке были перечислены науки того времени, определен предмет исследования каждой.
По свидетельствам современников, «ничего подобного никто ранее не писал и подобного плана не придерживался, и она незаменима для изучающих науки». В Багдаде аль-Фараби основательно пополняет свои знания входит в контакт с видными учеными и довольно быстро становится самым авторитетным среди них благодаря эрудиции, силе мысли и величию характера. Но в среде догматически настроенных богословов возникает неприязнь ко всему строю мышления аль-Фараби, нацеленному на открытие рационалистических путей познания и поиски достижения для людей счастья в земной жизни, а не в потустороннем мире. В конце концов аль-Фараби вынужден покинуть Багдад. Он направляется в Дамаск, но не останавливается в нем, путь его лежит в Египет.
В своей книге «Гражданская политика» он упоминает, что начал ее в Багдаде, а кончил в Каире (Миср). После путешествия аль-Фараби вернулся в Дамаск, где прожил до конца своих дней, ведя в нем уединенный образ жизни. Несмотря на покровительство правившего в те времена в Дамаске Сайф ад-Даулы бен-Хамдани, он избегал придворной жизни, редко присутствовал на приемах.
Как-то раз в Дамаске аль-Фараби пришел к правителю Сайф ад-Дауле, когда у него происходило собрание ученых. Когда аль-Фараби вошел в зал, где правитель восседал на троне, тот предложил ему сесть. Тогда ученый спросил «Как сесть, сообразно моему сану или сообразно твоему?» «Сообразно твоему», — ответил правитель. Тогда аль-Фараби прошел мимо всех эмиров и сел около трона. Государь рассердился и сказал своему телохранителю на тайном языке, который знали только немногие посвященные: «Этот тюрк нарушил все правила приличия, поэтому когда он встанет (по окончании собрания), тогда вы накажете его за невоспитанность». Тогда аль-Фараби спросил «Я никакого проступка не совершил, за что я буду наказан?» Услышав этот вопрос, изумленный Сайф ад-Даула спросил: «Ведь в народе этого языка никто не знает, где и у кого ты его изучал?» Аль Фараби ответил «Мне пришлось изучать многие языки, я знаю больше 70 их».