Тупаку Амару удалось уйти в сельву вместе с семьей и некоторыми сподвижниками. Но долго ему скрываться не удалось. Выданный одним из родственников, он вскоре попал в руки испанцев. Их добычей стали и священные реликвии инкской династии, в том числе золотой идол Пунчау, в полости которого хранился пепел сожженных сердец предшествующих правителей инков. Тупак Амару и его военачальники, скованные ошейниками, были доставлены в Куско. Здесь в 1572 году на главной городской площади при стечении большого количества народа они были обезглавлены. Казнь была совершена в присутствии жен и двух малолетних дочерей Тупака Амару.
С падением Вилькапампе и казнью последнего верховного инки испанцам удалось (на время) водворить в Перу относительное спокойствие. Возможно, тогда и родилась индейская легенда об Инкарри – Инке-царе. Согласно ей, испанцы казнили некогда законного правителя инков. Отрубленную голову они захоронили то ли в Куско, то ли в Лиме. Однако голова и после смерти продолжает жить. У нее отрастает новое тело. Как только Инкарри возродится, он поднимется и прогонит всех чужеземцев. Древнее царство инков восстанет из пепла и руин. На земле воцарятся мир, справедливость и благоденствие.
Колониальные власти сохранили некоторые административные формы инкской империи, приспособив их для собственных нужд. Испанские власти, подобно инкским, практиковали массовые переселения общин и систему трудовых повинностей, а также сформировали из индейцев особый класс прислуги и ремесленников. Колониальная администрация управляла индейцами через посредников и не вмешивалась в повседневную жизнь. Особая роль в деле приспособления индейцев к новым колониальным условиям отводилась касикам – местным правителям. Испанская корона давала покровительство представителям древней индейской аристократии – потомкам инкской династии. Они имели право одеваться на испанский манер, пользоваться холодным оружием «для защиты и украшения своей персоны», ездить верхом, заниматься торговлей, обращаться с прошениями непосредственно к испанскому королю. За ними закреплялись земли, которые можно было передавать по наследству, они могли иметь слуг и получать ежегодную подать с общин. Как представители властей, так и отличавшиеся непомерной жадностью многие местные аристократы создавали невыносимые условия для индейцев, что приводило к новым восстаниям.
