В августе 1917 года Кропоткин переезжает в Москву. К Октябрьской революции Кропоткин отнесся неоднозначно, видя в ней как начало социально-экономических преобразований, так и узурпацию власти, ведшую к перерождению и гибели революции. Он стал председателем Лиги федералистов, участвовал в пропаганде идей федерализма, содействовал развитию кооперативного движения. В подготовленном им обращении Московской Лиги федералистов о задачах Лиги говорилось, что восстановить прежнюю форму единства страны, распавшейся в результате свержения царизма, нельзя, ибо это единство держалось на насилии. Единственным спасением России называлось «превращение ее в тесный союз (федерацию) свободных областей и народов…». При этом особо подчеркивалось, что «в основе общественного устройства России должен лежать не государственный централизм, а местная самостоятельность (автономия) и федеративное (союзное) добровольное объединение».
Опираясь на свой огромный авторитет среди революционеров, Петр Алексеевич вызволил немало людей из застенков ЧК. Он протестовал против подчинения советов большевистским партийным комитетам, против разгрома новой властью кооперативного движения, против всесилия политической полиции и эскалации красного террора, против ликвидации свободной печати и уничтожения негосударственных издательств.
Из-за нехватки продовольствия и топлива в Москве Кропоткин вместе с семьей переехал в подмосковный город Дмитров, где продолжал много работать. В черновых набросках и письмах он давал суровую оценку происходившему в стране. В 1918—1920 годах он трижды встречался в В.И. Лениным. В их беседах поднимался широкий круг вопросов. Кропоткин высказывал свое видение происходившего в стране, говорил о непорядках на местах, защищал интересы кооператоров, страстно отстаивал идеалы «безгосударственного» коммунизма. Кроме бесед он обращался к Ленину посредством писем, выступая в них с резкой критикой политики, проводимой новой властью. «Если бы даже диктатура партии была подходящим средством, чтобы нанести удар капиталистическому строю (в чем я сильно сомневаюсь), то для сохранения нового социалистического строя она безусловно вредна. Нужно, необходимо местное строительство, местными силами, а его нет… совершаются самые грубые ошибки, за которые приходится расплачиваться тысячами жизней и разорением целых округов», – писал Кропоткин.