В феврале 1848 года собеседник Шеллинга записал следующие его слова «Немец вселенский осел. Судьба его не щадит. Мелкодержавье устарело и изжило себя. Вы увидите через 30 лет все будет иначе». Жизнь втягивала его в политику. Король Максимилиан обращался к нему за советами, и он давал их. Шеллинг был противником революции, любой государственный переворот называл «отцеубийством», но изъяны монархии ему тоже очевидны. «Я категорически отрицаю, что на этом свете вообще может быть идеальное государственное устройство», — пишет он баварскому королю.
Работу он не прекращает, сил мало, но дело идет своим чередом. У него возникли новые идеи, он пишет совершенно новый раздел своей системы — негативную, «первую» философию, которая должна предшествовать «второй», позитивной философии и обосновывать ее. 
Посылая в июне 1851 года рукопись своему сыну Фрицу, Шеллинг пишет «Все мои мысли заняты работой. Я решил полностью закончить негативную философию, чтобы больше потом к ней не возвращаться».
В феврале 1853 года Шеллинга мучают старческие недомогания, силы катастрофически убывают. Он решает подвести итог, составить духовное, философское завещание. Это перечень рукописей и распоряжения относительноих судьбы.
Он обрел вечный покой 20 августа 1854 года в швейцарском курортном городке Рагац. Там его похоронили. Там стоит ему памятник с надписью «Первому мыслителю Германии».
Памятник Шеллингу поставил баварский король Максимилиан, посмертное собрание сочинений издал сын Шеллинга Фридрих, оба близкие ему как человеку. Как философ он пережил свою славу и не оставил наследников.
