В первой половине XVI века основные военные усилия Российского государства были перенесены на юг и юго-восток, где участились набеги крымских и казанских татар. Самым опасным противником России того времени стало Крымское ханство, которое не поддавалось ни военному, ни дипломатическому воздействию. Крымский хан, являвшийся вассалом турецкого султана, проводил враждебную России политику, и война с Крымом неизбежно вела к войне с могущественной Османской империей. Перед Россией встала насущная задача укрепления собственной южной границы, для чего требовалось приложить невероятные усилия, средства и человеческие ресурсы. Но, как гласит пословица: «Глаза боятся, а руки делают». Постепенно различные пограничные укрепления соединялись в единый оборонительный комплекс – «засечную черту», состоящую из укрепленных городов, лесных и водных преград, фортификационных сооружений, прикрывавших большие дороги и открытые пространства от вторжений крымской конницы.
Но одними оборонительными сооружениями вопрос защиты границ не решается. Требовался еще и умелый маневр наличными силами, и полководческое искусство воевод, способных противостоять сильному, хитрому и коварному врагу. Пограничные воеводы были опытными и искусными полководцами, а Михаил Иванович Воротынский, составитель первого русского устава сторожевой службы, был среди них первым.
Военная карьера Михаила Воротынского началась поздно. Попав вместе с другими Воротынскими «в опалу», Михаил, как и его братья, несколько лет провел в темнице. Но в 1543 году он уже служит воеводой пограничного города Белева. В 1544 году Михаил Воротынский упоминается в качестве воеводы Большого полка и наместника в Калуге, но участия в боевых действиях не принимает. Набег крымских татар на Рязань был отражен местными воеводами без помощи больших полков.
В середине 40-х годов воеводу Михаила Воротынского переводят на «Казанскую краину», куда переносится центр тяжести борьбы с татарами. В 1545 году воевода Михаил Воротынский стоял в Васильсурске, построенном в 1522 году в устье реки Суры. В 1547 году он был воеводой полка Правой руки в войске, ходившем на Казань. В 1549 году, являясь воеводой Левой руки, стоял в Ярославле. В следующем году он служил наместником в Костроме, но уже в июле срочно был отозван в Коломну и пошел с другими воеводами к Рязани стеречь крымцев.
«Приговор» 1552 года о казанском походе сообщает, что «в Большом полку воеводы боярин князь Иван Федорович Мстиславский да слуга князь Михаил Иванович Воротынский», и это свидетельствует о том, что Михаил Воротынский занимает второе место в военной иерархии Российского государства.