В следующем году Костюшко вернулся в Польшу. За самовольный отъезд за границу и вступление в состав американских войск он был исключен из списков польской армии и лишен офицерского звания и по возвращении на родину мог быть лишь частным человеком. Только в 1789 году после долгих хлопот его друзей в Варшаве Костюшко вновь был зачислен в ряды королевской армии с чином генерала и назначен командиром бригады, расположенной возле прусской границы. Приняв бригаду, он занялся обучением полков и в строевых занятиях старался применить свой личный боевой опыт. Костюшко первый ввел в полках маневры, совместные тактические занятия всех родов войск, боевую практическую стрельбу и продолжительные походные марши.
Бывая часто в Варшаве, Костюшко познакомился там с Игнатием Потоцким, Гуго Колонтаем, Немцевичем и другими польскими политическими деятелями, мечтавшими о восстановлении Великой Польши в прежних ее границах. Костюшко обратил на себя внимание этого кружка и сам легко сблизился с ним, поскольку возрождение и освобождение Польши было его заветной мечтой.
Близко сойдясь с патриотами, незадолго перед тем совершившими государственный переворот провозглашением знаменитой конституции 3 мая 1791 года, Костюшко, командовавший тогда дивизией на больших маневрах под Брацлавом, начал готовиться к войне с Россией, в которой кружок Потоцкого видел противницу нового государственного строя Польши.
В начале лета 1792 года военные действия с Россией были открыты, и польская армия, едва достигавшая 17 тысяч человек, была сосредоточена близ Киева, под Васильковом. После ряда неудачных мелких стычек с русскими войсками поляки отошли за Буг. Костюшко было поручено командовать арьергардом и прикрывать отступление. Его умелые действия спасли армию от разгрома.
В июле 1792 года командовавший русскими войсками генерал Каховский повел решительное наступление. Сражение произошло у деревни Дубенки, где был расположен русский отряд. Вся сила удара русских войск была обрушена на один арьергард Костюшко, так как командующий силами поляков Понятовский расположил остальные польские части далеко от места сражения, и они не смогли принять участия в этом бою. Несмотря на отчаянное сопротивление, отряд Костюшко был окружен и, потеряв почти все пушки, с остатками батальонов был вынужден отступить. Этот бой решил исход всей кампании. Понятовский отвел польскую армию на запад, не решаясь далее продолжать военные действия.
