Смерть старшего сына потрясла Александра. Он повел энергичное расследование, арестовывая, пытая и казня своих политических противников, желая уверить и себя, и окружающих, что это убийство дело рук недругов рода Борджиа. Но тайное стало явным, и папа простил Чезаре, который вскоре сменил кардинальскую шапку на титул главнокомандующего папской армией.
Обожаемая дочь и сестра – Лукреция – тоже стала жертвой интересов Чезаре и отца. Ее замужества преследовали определенные цели, ставшие невыгодными браки быстро расторгались, чтобы уступить место новому «выгодному» жениху. Лукреция несколько раз покидала папский двор, уходя в монастырь или уезжая в отдаленные места, чтобы найти спокойствие. Но ее всегда возвращали в Рим, когда возникала необходимость решить очередные насущные задачи, в которых она могла бы быть использована в качестве козырной карты. Даже ее дети использовались в политических играх Борджиа. Только в последние годы жизни, потеряв отца и брата, она стала вести тот образ жизни, о котором мечтала, и даже снискала в Ферраре, где проживала с последним мужем, любовь и уважение жителей.
Делам церкви Александр VI уделял все меньше и меньше внимания, зато стал проявлять огромный интерес к делам политическим. Незадолго до своей кончины он опубликовал буллу, которая признавала за королями Испании и Португалии исключительное право на владение землями, добытыми в «заморских походах». Проведя демаркационную линию от Северного полюса до Южного, папа отдавал западную часть Испании, а восточную – Португалии. Сам же он при таком раскладе становился владыкой всего земного шара. В булле папа оговорил, что королям этих стран предоставляется право полной свободы в организации религиозной жизни на вновь приобретенных территориях.
Борджиа вошли в историю и как отравители, рядом с их именем часто ставится слово «яд». У Александра VI работала целая лаборатория по производству ядов, а средства для их изготовления привозились ему миссионерами из разных стран. Борджиа предпочитали яд без вкуса и запаха – так легче было дать его очередной жертве. Особенность его действия заключалась в том, что проявляется он не сразу, его можно подсыпать в еду или в питье. Яд широко использовался как при продвижении к папскому престолу, так и в дальнейшем для ликвидации противников. Каждый из семьи использовал яд особым способом. Известностью пользовалось вино, подаваемое в доме Борджиа гостям. Последствия давали о себе знать не сразу, а через неделю и даже больше. У жертвы начинали выпадать зубы и волосы, и человек умирал долго и мучительно. Кроме вина использовались и отравленные иглы, которые пускались в ход в толпе, и легкий укол был даже незаметен.